D'abord avocat puis paléontologue, il découvre en 1836 à Sansan, dans le Gers, le premier anthropoïde fossile. Il proposa en 1861 une division chronologique du Quaternaire à l'aide des grands mammifères. Il explora le Périgord encore peu connu d'un point de vue préhistorique. Son fils Louis Lartet découvrira en 1868, aux Eyzies, les premiers squelettes de Cro-Magnon.
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Paléontologue français, il succède en 1936 à Marcellin Boule dans la chaire de paléontologie du Muséum national d'histoire naturelle. En 1932-1933, il organisa la première mission paléontologique dans les gisements de la vallée de l'Omo, dans le sud de l'Ethiopie. Il retourna sur les lieux en 1967 avec Yves Coppens et y ils découvrirent une mandibule d'australopithèque (Paraustralopithecus aethiopicus). Avec la collaboration de Robert Hoffstetter, il découvrit en 1954 l'homme de Ternifine en Algérie (Atlanthropus mauritanicus).
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Littérateur, préhistorien amateur et directeur des douanes à Abbeville, il est considéré comme le fondateur de la préhistoire. Il eut le mérite de démontrer la haute antiquité de l'homme en établissant sa coexistence avec des espèces animales disparues. Ses observations sont réunies dans les trois volumes de ses Antiquités celtiques et antédiluviennes (1849-1864).
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