Professeur de zoologie à l'université d'Iéna, il fut l'ardent et intrépide propagateur en Allemagne de la doctrine darwinienne de révolution, qui l'amena à défendre une vision idéologique, antireligieuse du monde. Dans son Histoire de la création, Haeckel met en avant le déroulement généalogique de la vie qui, par vingt-deux transformations successives, conduiront des « Monères », organismes primitifs supposés sans membrane ni noyau, à l'homme. L'avant-dernier échelon correspond à une créature encore hypothétique, l'homme-singe ou pithécanthrope.